父亲与儿子分别持有的承包合同，在土地确权过

土地确权过程中，父子承包合同一般不可直接整合。依据《农村土地承包法》，承包地分割需承包方达成一致，并报经县乡管理部门审核，分别与分立后农户签约。未及时明确分割，可能导致土地权属不清，影响双方权益及后续土地使用、流转等。
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处理父子承包合同整合问题，常见方式为分别确权或协商分割。应先协商分割承包地，达成一致后向发包方提出申请，根据管理部门审核结果选择是否整合。若无法协商，则按各自合同分别确权。
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父子承包合同不可直接整合。操作如下：1.双方协商承包地分割，达成一致；2.准备相关证件，向发包方提出分割申请；3.发包方报县乡管理部门审核；4.审核通过后，与分立后农户重新签约；5.县级管理部门办理变更登记。若协商不成，则分别进行土地确权。